Joseph có phần miễn cưỡng rời bỏ ngai vàng Vương quốc Napoli để đến nhận chiếc vương miện Đế chế Tây Ban Nha theo chỉ thị của người em trai - Hoàng đế Napoleon. Tuy chỉ mới làm vua ở Napoli trong 2 năm, nhưng tại đây Joseph rất được người dân yêu mến và kính trọng, trong khi đó tại Tây Ban Nha thì ngược lại, người dân ở Bán đảo Iberia không ưa thích ông. Joseph đã bị các đối thủ của mình ở Tây Ban Nha chỉ trích nặng nề, họ cố bôi nhọ danh tiếng của ông bằng cách gọi ông là "Pepe Botella" vì ông uống nhiều rượu. Sự xuất hiện của Joseph trên ngai vàng Tây Ban Nha đã gây ra một cuộc nổi dậy ở Tây Ban Nha chống lại sự cai trị của người Pháp, điều này đã khởi đầu cho Chiến tranh Bán đảo. Thompson đã nhận định rằng: cuộc nổi dậy ở Tây Ban Nha là một phản ứng chống lại các thể chế và lý tưởng mới. Ngai vàng quân chủ cha truyền con nối của các vị vua Công giáo mà Napoleon, được cho là kẻ thù truyền kiếp của Giáo hoàng đã đội lên đầu của một người Pháp. Các nhà thờ Công giáo bị đàn áp bởi những người cộng hoà, giết hại các linh mục và thi thành "loi des Cultes" (luật tôn giáo); các quyền và đặc quyền tại các địa phương và tỉnh tự trị bị đe doạ bởi một chế độ quân chủ tập trung được tổ chức theo mô hình của Napoleon[15].

Joseph tạm thời rút lui cùng với phần lớn quân Pháp về phía Bắc Tây Ban Nha. Bản thân ông cảm thấy mình đang ở một vị trí ô nhục, ông đã đề xuất với em trai mình để ông thoái vị và hy vọng sẽ được trở lại ngai vàng của Vương quốc Napoli, nơi mà ông rất được lòng của thần dân. Tuy nhiên Hoàng đế Napoleon đã gạt bỏ điều này, chính phủ của Đệ Nhất Đế chế Pháp đã gửi thêm quân tiếp viện hỗ trợ Joseph duy trì ngai vàng của mình. Dù quân đội Pháp đánh chiếm Madrid dễ dàng, nhưng sự kiểm soát lãnh thổ của chính quyền Joseph tại Tây Ban Nha luôn bị quân du kích ủng hộ Nhà Bourbon chống lại liên tục. Joseph và những người ủng hộ ông chưa bao giờ thiết lập được quyền kiểm soát hoàn toàn đối với đất nước.

Những người Tây Ban Nha ủng hộ Vua Joseph được gọi là "josefinos" hoặc "afrancesados" (điên cuồng). Trong thời gian cai trị của mình, Joseph đã chấm dứt sự hoạt động của Tòa án dị giáo Tây Ban Nha, một phần quyết định này cũng do Napoleon I có mâu thuẫn với Giáo hoàng Piô VII. Bất chấp những cải cách mang tính cách mạng, Joseph vẫn không được phần lớn người Tây Ban Nha chấp nhận là một vị vua hợp pháp của họ. Trong thời kỳ Joseph cai trị Tây Ban Nha, Venezuela đã tuyên bố độc lập khỏi Tây Ban Nha. Nhà vua hầu như không có bất cứ ảnh hưởng nào trong suốt cuộc Chiến tranh Bán đảo, vì các vị tướng dưới quyền của vua Joseph luôn phải xin ý kiến của Hoàng đế Napoleon trước khi thực hiện các chỉ thị của Joseph.

Vua Joseph thoái vị và trở về Pháp sau khi các lực lượng chính của Pháp bị liên quân do Anh dẫn đầu đánh bại trong Trận Vitoria năm 1813. Trong chiến dịch kết thúc của Chiến tranh của Liên quân thứ sáu, Napoléon đã để anh trai mình cai quản Paris với quân hàm Trung tướng của Đế chế. Kết quả là, Joseph lại nắm quyền chỉ huy trên danh nghĩa của Quân đội Pháp trong Trận Paris (1814).

Ông được những người theo Chủ nghĩa Bonaparte coi là Hoàng đế hợp pháp của Đế chế Pháp sau cái chết của con trai Napoleon I là Napoleon II vào năm 1832, tuy nhiên ông đã có rất ít động thái trong việc thúc đẩy những tuyên bố này.